手机基站只能以IMSI设置白名单的原因有以下几点：

1. IMSI是国际移动用户身份标识，每个用户的身份信息都是唯一的，因此通过IMSI设置白名单，可以确保只有特定用户的手机能够使用该基站。
2. 白名单设置可以限制未经授权的设备使用基站，从而保护基站的稳定性和运营商的利益。
3. 只有经过严格认证的白名单用户才可以使用基站，这有助于保护用户的信息安全和隐私。

总之，通过以IMSI设置白名单，可以确保只有经过授权的设备才能使用基站，保护网络环境和用户隐私。